1、定義不一樣：執(zhí)業(yè)醫(yī)師是具有醫(yī)師執(zhí)業(yè)證及其“級別”為“執(zhí)業(yè)醫(yī)師”且實際從事醫(yī)療、預防保健工作的人員。全科醫(yī)師是經(jīng)過全科醫(yī)學專門訓練、學習，取得了全科醫(yī)師執(zhí)業(yè)資格證書，工作在基層的臨床醫(yī)生。

2、服務不一樣：全科醫(yī)師對個人、家庭和社區(qū)提供優(yōu)質、方便、經(jīng)濟有效的、一體化的基層醫(yī)療保健服務，其服務對象涵蓋不同性別、年齡的人。執(zhí)業(yè)醫(yī)師相對來說要更為嚴謹一些，履行防病治病、救死扶傷、保護人民健康的神圣職責。

3、類別不一樣：執(zhí)業(yè)醫(yī)師類別分為臨床、中醫(yī)、口腔和公共衛(wèi)生。中醫(yī)類包括中醫(yī)、民族醫(yī)和中西醫(yī)結合，其中，民族醫(yī)又含蒙醫(yī)、藏醫(yī)、維醫(yī)、傣醫(yī)、朝醫(yī)、壯醫(yī)。全科醫(yī)師分類就沒那么細了，比較籠統(tǒng)，因此在某些情況下其專業(yè)性也沒有執(zhí)業(yè)醫(yī)師那么強。